V systéme MUFIS každá agendá má svojho hlavného užívateľa, kto určuje oprávnenia ostatným užívateľom, a to jednotlivo v každej agende. Ak potrebujete prístup k nejakej agende (účtovníctvo firmy), alebo ku konkrétnych častiam (pokladne, fakúry, sklady, apod.), požiadajte hlavného užívateľa agendy, aby Vám nastavil prístup a oprávnenia. Meno a e-mail hlavného užívateľa agendy si môže zistiť hociktorý užívateľ, ktorý už má prístup k agende a je do nej prepnutý: vľavo dole pri názve agendy treba kliknúť na (i).
Oprávnenia užívateľov je možné obmedziť aj na konkrétne číselné rady, či strediská, sklady, pokladne, a je možné tiež nastaviť, aké operácie môže robiť s dokladmi: